二级生物安全柜的一个*特征就是由垂直层状薄片的(无定向的)HEPA过滤器过滤后，再安全柜内部形成向下流动的气流。气流不断地冲能可产生空气传播感染的安全柜内部，从而避面存放在柜体内的样品受到感染。这样的气流被称作下沉气流。
不同型号的二级生物安全柜的主要区别在于：排气的比例以及气体经过空气高压再循环的比例不同。另外，不同的二级生物安全柜具有不同的排气方式：有的安全柜将空气过滤后直接排到室内，有的是通过连接到通风管道上的套管或通过建筑物的排风系统排到建筑物外面。
1、如果生物安全柜已关闭，则鼓风机应在开始工作之前至少运行四分钟，以使生物安全柜“吹扫”。吹扫将清除生物安全柜中的所有悬浮颗粒。
2、应使用70％的乙醇，1：100的家用Calcium hypochlorite稀释液或其他适当的消毒剂擦拭工作表面，内墙，窗户的内表面以及放置在生物安全柜中的材料。使用漂白剂时，需要用无菌水再次擦拭以去除残留的氯，氯可能腐蚀不锈钢表面。
3、开始工作之前，请将材料放在BSC中。这样可以减少空气幕破坏的次数。
4、BSC只能放置立即工作所需的材料和设备。
5、将工作流程安排为“干净到脏”。
6、在开始工作之前，请确保窗扇返回到其原始位置。
7、缓慢地移入和移出手臂，以免打断气幕并危及安全壳。
8、将手/手臂放入内部后，应将材料处理延迟大约一分钟。
9、所有操作应在距前格栅至少四英寸的工作面上进行。
10、将移液器收集在生物安全柜内，以避免频繁的向内/向外移动。在清除生物安全柜内所有可能被污染的材料之前，请对其进行消毒。
11、限制房间内的其他活动（靠近生物安全柜的移动，步行的交通，打开/关闭房间的门），因为这也可能破坏生物安全柜的空气屏障。
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